La Monografía del municipio de San Juan Ostuncalco cita una leyenda sobre el origen del lugar, de acuerdo con ésta, el valle de Quetzaltenango donde se localizan los municipios de San Juan Ostuncalco, San Mateo, Olintepeque, Salcajá y Quetzaltenango, era un lago inmenso en tiempos remotos; después de realizar una ceremonia maya el agua se desplazó a donde actualmente está el Lago Atitlán, entonces las personas empezaron a poblar el valle cuando el área quedó seca.  Existen diferentes interpretaciones respecto a la palabra Ostuncalco, sin embargo, el antropólogo originario del municipio, José Luis Monterroso, encontró que se deriva de las palabras de una lengua indígena mexicana; Oztum = mercaderes, Cal = casa, Co = en; este   nombre podría hacer alusión al pueblo de Ostuncalco como centro comercial precolombino, “En la casa de los mercaderes”, pero aún se debe corroborar esta hipótesis mediante el análisis de otros datos.  Otra interpretación del nombre atribuye la palabra al idioma Mam, etnia presente en el territorio, que traducido al español es “Colina de los tres tambores”.  El nombre geográfico oficial del municipio es Ostuncalco, aunque también es conocido como San Juan Ostuncalco, por haber sido puesto bajo la advocación de San Juan Bautista, patrón del municipio.

El 26 de septiembre de 1923 se constituyó en el Municipio de San Juan Ostuncalco, el presidente Constitucional de la República autorizó el deslinde con Concepción Chiquirichapa por acuerdo gubernativo de la misma fecha (Gall, 1978).